Манастир Ковиље се налази у селу Смиљевцу, под планином Јавор, на десној обали реке Ношнице, у засеоку који се назива именом древне монашке светиње. Нема података о времену његовог настанка али драгоцени сачувани записи сведоче о дугој и богатој историји, страдањима и обновама.
У Манастиру се налазе два храма из различитих временских периода, спојена у јединствену архитектонску целину. Старија црква саграђена је у поткапини, у подножју стеновитог гребена крајем XII или почетком XIII века. Саградили су је монаси пустиножитељи, за своје потребе, у потрази за тешко приступачним и тихим, изолованим пределима, користећи поткапину – плитку пећину у стеновитој литици стрме обале уз коју су организовали и мањи манастир. Био је то скит – аскитирија под којом се подразумева нејвиши ступањ монашког подвига и посвећења, који се рано развио у Византији, а затим преносио и у друге области пространог царства током средњовековног доба.
Пећинска црква, посвећена Светим Арханђелима, коришћена је као богомоља у манастиру отшелника, пустиножитеља настањених у оближњим келијама призиданим уз стеновиту литицу, како сведоче сачувани трагови. Зидови старије ковиљске цркве скромних димензија, северни, а делимично и западни и источни, издубљени су у стени пештере, док су остали саграђени ломљеним каменом и везивом од кречног малтера. Конструкцију њеног полуобличастог свода носе пиластри призидани, по три, на бочним зидовима, као и лукови који се уздижу над њима. Преостали простор пећине, скривен богомољом, коришћен је као испосница судећи по траговима ватре, лежишта, уломцима огњишне керамике и другим употребним предметима од керамике и метала.
Најстарији помен Манастира Ковиља и његове пећинске цркве забележен је у Крушевском поменику из 1606. године. Запустелу монашку обитељ и делимично порушен храм затекао је рашки митрополит Гаврило 1644. године. Он о томе казује у запису који уноси 1651. године на страницу четворојеванђеља. Обновивши ову старовлашку светињу, „последњи представник велике цркве пећке“ поменуту књигу поклања њеном изнова успостављеном братству, са којим и сам, у Манастиру проводи извесно време. У запису још казује да је, уз обнову цркве Светог архистратига Михаила и Гаврила, подигао и храм посвећен светом Николи, „обновио неке келије и воденице и манастирску земљу ослободио која је била запустела и непозната“, откупио неколико њива и ливада и приложио их овој светој обитељи. Као патријарх пећки (1648 – 1655), Гаврило је за своју задужбину обезбедио и најбоље уметнике тог доба који су осликали унутарње зидове оба храма, а иконама украсили њихове олтарске преграде.
У вековима турске окупације и Манастир Ковиље је трпео турске нападе, пустошења, пљачкања и разарања. Упркос неповољним околностима, у периодима затишја, у њему се одвијао монашки живот, а сачувани подаци казују да је радила и школа за описмењавање и образовање учитеља, свештеника и монаха. Почетком XIX века, у одсуству калуђера, претворен је у парохијску цркву. Одолевајући многим невољама и ратним сукобима, сеобама становништва и смени свештеника, запустео је крајем XX столећа, прекривен небригом и тишином напуштених предела.
Захваљујући труду упорних и преданих појединаца да се готово заборављене вредности и дуги векови трајања сачувају, почетком новог миленијума, Манастир Ковиље је уздигнут и поново настањен, најпре монасима, а потом монахињама које предано спроводе велику обнову његових храмова, изградњу конака и уређење манастирских поседа. Духовна обнова древне светиње, скривене у густим шумама котлине сучељених падина Голије и Јавора, омогућиће и истраживања и спознаје многих, временом оштећених и непознатих вредности, њихово достојно презентовање и очување.